至明清两朝，总体上，佛教已经进入没落时期。由于明朝封建专制主义的进一步强化，更由于清朝是异族入主中原，对汉族进行了严酷的思想控制，反映到佛教中便是理论创造的衰竭，僧伽管理的严格化，佛教本身进一步世俗化。明初统治者从制度上限制佛教的社会性地位，明后期则有朱宏等四大高僧鼓吹佛教诸宗并重，三教归一；并对佛教本身的弊病进行了批评。清初有雍正皇帝借谈禅而对佛教界进行思想肃整。清末则形成了强大居士佛教潮流，它在讲学传法、刻经流通、复兴佛教诸方面都做了大量工作，其影响一直延续到本世纪。

明初对于佛教控制极为严格，太祖朱无璋自己做过和尚，也是靠农民起义而起家的，因为深知以理学加强思想统治的必要。他说过“天下甫定，朕原与诸儒讲明治道”（《明史·太祖记》），这一背景下的佛教是受到严格限制的。1368年，太祖在金陵天界寺设善政院，管理天下佛教。1382年，诏分天下寺禅、讲、教三种。佛教被认为只有禅定、义理一宗和法事一宗。所谓教，即惟瑜珈法事等为主要内容。1391年朝廷颁布的《申明佛教榜册》说：“今天下之僧，多与俗混淆，尤不如俗者甚多，是等其教而败其行，理当清其事而成其宗。令一出，禅者禅，讲者讲，瑜珈者瑜珈，各成宗派，集众为寺。有妻室原还俗者听，愿弃离者听。”清初沿袭明制，加强僧官制度。至于喇嘛教，明代取消喇嘛教的特权，但出于政治仍在西北设藏僧官，优礼西藏喇嘛。清代对喇嘛教扶持的政治用意更为明显。

明清两代，内地主要仍为禅净两宗流行。明初的禅僧，如楚石梵琦在他的《净寺诗》中写道：“一寸光阴一寸金，劝君念佛早回心。”明中叶后，如临济僧笑岩德宝、曹洞僧无异元来等都大倡“三教合一”。永觉元贤说：“教既分三，强同之者妄也；理实为一，强异之者迷也……盖理外无教，故教必归理。”入清以后，净土宗僧人代有所出，行策撰《起一心精进念佛七期规定》，为近代“打七念佛”之始，其他居士从周梦颜到杨文会都是以净土为学佛归趣的。明清两代大夫参禅学风已成风气，王阳明、李贽都曾习禅，袁宏道三兄弟都曾入禅而归净土。清末的居士佛教是当时的主流，清初有宋文森、毕奇、周梦颜、彭绍升等，清末各地刻经成风，江浙如苏州、扬州、杭州、常熟、如皋多有刻经处。杨文会同日本、欧美佛教学者交换互缺经典，刻印流通，又参与当时锡兰高僧达摩波罗在印度和欧洲发动的国际佛教复兴活动。他创设的金陵刻经处弘法至今。居士欧阳竟无所办的支那内学院，释太虚与陈元白、章太炎所办的觉社，都非常活跃，也培养了大批义学骨干。

明代随着佛教进一步世俗化，在吸收道教传教方式的基础上，出现了许多充满儒家伦理的糅合佛教说教的著作，称为善书或宝卷。善书的模仿原型是道教的《太上感应篇》、《文昌帝君阴骘》文类；宝卷则由唐代的佛变化演化而来。所有这些流行的宝卷和善书，都以佛教中的灵异感应或因果报应为内容。明代的佛教义学以朱宏、真可、德清、智旭明末四大高僧为旗帜，他们面对佛教在民间的世俗化和商业化，特别提出了读经的重要性，认为文字经教才是佛教的根本。针对净土信仰的需要，朱宏对佛教法会的轨仪加以修订，形成沿袭至今的水陆忏仪。他们又都不同程度地强调三教合一，像德清主张禅净兼修而融通法华，而智旭倡“融合诸学，归极净土”。而在清末的佛教义学中。最值得一提的是佛教法相宗学说的活动重兴和为重续宋以后就在汉地消失的真言密教而介绍和引入藏密及东密的活动。然而无尽管佛教复兴的呼声有增无减，但佛教兴起的第二次高潮并未实现，尤其是晚清由于士大夫们竞相倡导，法相唯识不一时成为谈资。像谭嗣同是将法相唯识学当作挽救衰败的国家和世道人心的思想武器的。但无论如何，佛教义学的复兴并未来到，佛教在士人中间也只主要表现为净土佛教，而民间则基本上经忏佛教在流行，这是为许多有见识的近代佛教大德深为痛心疾首的现实状况。